A ver, los programas que requieran de archivos externos, al empaquetarlo seguirán buscándolos en la misma ruta, y al moverlos del dd también. Puede darse el caso de que un programa busque el archivo en el mismo directorio desde el que se ejecuta, y en ese caso solo tienes que mover los archivos que requiera al mismo directorio donde pongas el ejecutable. Pero también puede que lo busque en varias rutas, o sólo en una independientemente de donde tengas el ejecutable .elf, eso depende del programa.
Lo que si te digo es que el ps2mediaplayer con copiar el .elf al dd y asignar luego un botón con el keylauncher para que lo ejecute funciona bien.