Te hago una lista de ventajas en inconvenientes que les veo a cada opción y luego te digo lo que opino:
Chip:
Ventajas:
Velocidad de lectura 6x
Cero preocupaciones
Se lo "come" todo
Desventajas:
Coste inicial
Instalación
Software:
Ventajas:
Coste cero
Desventajas:
Velocidad de lectura 3x
Compatibilidad, que implica un mantenimiento
Para mí la cualidad más importante es la del "mantenimiento". Un chip no necesita mantenimiento ninguno ya que al realizar la operación por hardware da igual el juego que metas, lo va a leer, sin embargo por software llegará el momento que tengas que actualizar para poder jugar a un juego, con todo el coñazo que supone. Por eso, yo tengo un chip en mi consola y si quieres pues te instalas el hombrew channel para cuando tengas ganas de trastear con los emuladores y programitas, de esta manera tendrás lo mejor de las dos opciones.