Cualquier programa de edicion de video 2D te sirve pare editar video 3D, veras:
El video 3D son solo 2 videos corriendo, entonces solo tienes que extraer los 2 videos del avi del 3DS y editarlos conjuntamente. Si kieres darle efecto "3D" pues solo basta con poner un mismo objeto duplicado en ambos videos pero con la diferencia de la posicion X de los objetos. Objeto en el video 1 mas a la izquierda del objeto en video2 hace ke se vean "lejos", objeto en video 1 mas a la derecha del objeto en video 2 hace ke se vea mas cerca.
Saludos, al rato subo una prueba que hare en flash para el ejemplo