Yo he tenido problemas con clonezilla en algunos sistemas modernos.
Del que ya no me muevo es de Iperius Backup (versión de escritorio). Funciona perfecto y superconfigurable.
Yo lo uso tanto para imagenes completas, como incrementales de ciertas carpetas de distintos discos duros que tengo ya configuradas.
Ejecutar tarea y listo. Te las hace "en caliente" sin necesidad de dejar de utilizar el sistema, sin fallos.
Es de pago pero barata, y licencia de por vida (un equipo al mismo tiempo, si cambias de equipo tienes que pedir nueva clave de activación). Ronda los 30€ creo. A mí me vino la licencia gratis con un disco duro SSD hace tiempo.
La recomendaría con los ojos cerrados al 100%.