Si copias al vuelo asegurate que el disco origen esté libre de rayas o suciedad (dactilares incluidas).
Si no quieres copiar al vuelo ni formatear tu discoduro, instalate el W2000 Pro ENCIMA del W98, pero sin borrar este ultimo.
Es como lo tengo yo: en el arranque te pide con que SO quieres arrancar y listos. Uno es transparente con el otro aunque compartan disco duro.
Siempre que quieras copiar uno de >4Gb arrancas con 2000 y listos.