La principal diferencia está en los colores ya que tanto pal como Ntsc usan un sistema distinto para esto. Lo que se traduce en que una consola pal reproducirá un juego Ntsc en blanco y negro (sin color) y vicevera. Pero esto puedes solucionarlo fácilmente con un cable rgb o bien modificando internamente la psx (en esta misma página tienes documentos que te explican como hacerlo).
Pero bueno, por lo que dices intuyo que ya estás usando un cable rgb, así que no notarás ninguna diferencia entre uno y otro. No te preocupes.
) y ponerle un parche o pasarla a pal con el pal4u. SI acaso preguntale a Wip3r, que seguro podrá responderte mejor que yo. 