Edito completamente el hilo ya que he encontrado el motivo del fallo.
A todos los que la última versión del JungleFlasher les haya dejado de detectar los puertos I/O el motivo es porque el controlador "portio64.sys" (portio32.sys en la versión 32 bits) ha sido modificado y hay que volverlo a firmar.
Eso esto todo. Lo jodido del tema es que si simplemente copias dicho archivo de una versión anterior a la 1.94, cuando arranca JungleFlasher, te dice que se ha cargado correctamente, pero en realidad no ya que no detecta los puertos.
Pues nada espero que mi experiencia sirva para otros foreros.
Saludos