La razón de que no sea muy recomendable enchufar a una misma gpu los dos conectores de un mismo cable (aunque tampoco se hunde el mundo si no va muy al límite todo, en servidores se hace constantemente) es que en el primer conector, la unión del cable con los pines tiene que aguantar la intensidad de su pin y la del siguiente conector.
Esto aparte de la caída de tensión en el cable, sobre todo si va justo de sección.
Si te da exactamente igual, mejor en el conector más cercano por ahorrar unos cm de cable y la unión del crimpado. Si por estética te va mejor el final, me parece un criterio suficiente ya que esto sí que no suele ser un problema nunca
Saludos