No he probado con quitaesmalte en cds, si quieres prueba con un cd viejo antes que no te importe romper (un fifa por ejemplo), pero lo más importante sería que no frotaras. Con un algodón mojado, mojas la zona con tinta poco a poco apretando hasta que se resblandezca, y que sea el algodón el que "chupe la tinta".
Con unos cartuchos de snes que tenía con rotuladores permanentes el quitaesmaltes no hacía nada, acabé usando disolvente (lo peor para esos plásticos, no lo uses en cds). Haciéndolo como te decía con el algodón quedó decente, conseguí sacarle el rotulador y sólo quedó un pelín manchada esa zona.