Buenas,
Prueba renombrando la carpeta bootmii, por ejemplo, pon bootmii11. Luego, cuando desees usar el bootmii, la renombras con el nombre original y ya está. Porque es probable que sea por eso, lo que pasa, es que normalmente, debería salirte el menú de bootmii al iniciar la consola. Así que lo ideal, si esto que te he dicho te funciona, sería que reinstalaras bootmii, por si tiene algún archivo corrupto.
Un saludo.