Os complicais un poco la vida. Lo único que hay que hacer es:
1º Jungleflasher, y en la pestaña de arriba, cargar el dummy.bin, del lector antiguo.
2º Jungleflasher, en la pestaña de abajo, cargar el lt+2.0 del lector nuevo que tenéis.
3º Spoof to target, y guardamos el firm.
4º Flasheamos bien por ms-dos (mi caso, porque me parece muy facil) o desde el mismo jungle.
Lo dicho, no es tan complicado, se puede hacer todo en un paso.
un saludo.