Instalar un cIOS solo significa sobreescribir uno de los IOS que tiene la consola: en concreto, sobreescribes uno de los archivos que instalas con el cIOSCORP. Lo puedes hacer tranquilamente y seguirá funcionando todo.
Si tuvieras cualquier problema solo tendrías que reinstalar la versión del archivo que pusiste en su momento cuando instalaste el cIOSCORP durante la instalación de Softmii y a correr.
