Lo he solucionado yo mismo.
Resulta que como me pensaba mi psp aun y tener el prometheus, tenia el version.txt normal, es decir 5.03. El version.txt de la flash0 estaba con los datos correctos (9.90) sin embargo la opción de menú use version.txt estaba siempre como disabled.
Aunque intentase activar la opción no cambiaba, sin embargo tras mucho desesperarme me fijé en una cosa: no se si será mi psp o es un bug general, pero el recovery menú no va bien. Me fijé que a veces activas una opción y se activa otra de la lista, con lo cual fui probando, con prueba y error, back, volver a entrar... hasta que al tocar otra opción se modificó el use version.txt a enable.
Si alguien alguna vez se encuentra con esto, que lo sepa, hay un bug de algun tipo en el menu ese VSHMENU o como se llame, que con paciencia se puede dar solución.