Quizás muchos de esos bugs salieron a causa de separar/quitar las partes para hacer Sonic & Kncukles, ya que en principio era un solo juego (como se ha podido ver en algunas de las betas que se han encontrado de Sonic 3). No hubiera habido ningún problema en que hubiera salido junto, pero bien por motivos de tiempo o porque les pareció demasiado para un juego y quisieron aprovechar para hacer 2 del tirón, los separaron. La verdad es que en su época me resultó muy curioso lo del Sonic & Knuckles y su tecnología de ensamblaje y no se me pasó por la cabeza que fueran 1 solo juego (o que podrían haberlo sido).
Bugs hay por todas partes, y cuando se arregla algo, como no lo testees bien, seguramente crees otro bug con otra cosa... no es nada facil crear un juego sin bugs, y más cuando no eres tú el único que toquetea y programa el juego.