el sonic collection en realidad es una versión depurada del emulador homebrew jEnesisDS corriendo roms de la megadrive (es casi conocido por todos que SEGA no tiene el código fuente original del Sonic de Mega Drive, así que sólo pueden emularlo...)
Aunque el juego original no tiene algunos bug gráficos de la última versión del homebrew, sigue siendo una emulación, y no va tan fina como cabría esperar. Aún así, me parece mejor el homebrew que el juego original, ya que el homebrew guarda savestates y el original no... aunque el Sonic 2 funciona mejor en el Collection que en el homebrew...
Tú mismo, no esperes un funcionamiento 1:1 con los originales de Mega Drive, porque esto es una emulación, y como todas las emulaciones, tiene errores...