El problema suele ser que el video original tenga partes.. corruptas por decirlo de alguna forma. Por ejemplo, a veces cuando veo un video en el PC, se ven "cuadrados" en algunas partes del video.
Puede que dependa del programa que useis para encodear. Unos pueden que lo reproduzcan como en el PC, es decir, con cuadraditos en esas partes (en la DS casi no se nota), y otros en esas partes del video se quedan como bloqueados o saltan a otra parte en la que vaya bien. En este ultimo caso es en el que suele descoordinarse el audio del video. Tambien depende del video. Si los fallos que tenga el video son muy gordos puede ser diferente que si es pequeño (no es lo mismo un KB que un MB corruptos)
Yo los encodeo con el DPGTools y me pasa esto ultimo que he dicho si el video original tenia fallos. Lo suelo solucionar quitando el Moonshell entero (no vale quitar el video. No se por qué, pero si solo quitas el video sigue pasando lo mismo), volviendolo a poner y arrancar el video por donde iba antes (antes de reiniciarlo, os fijais por donde va en la barrita y despues pinchais con el stylus en ese mismo sitio). Obviamente si volveis a pinchar antes de que se descoordine, volverá a descoordinarse cuando vuelva a pasar por la parte del video que falla.
Esto que digo lo estoy diciendo por experiencia propia (pruebas que hice en su dia y tal), pero si alguien cree que estoy equivocado, que lo comente por favor, para asi entre todos saber a ciencia cierta el porqué de esto.