¡¡Has descubierto el hilo negro!!
Para que en la consola se carguen los juegos en copias ilegitimas -nuestros respaldos- se necesita mas que solo tenga el formato correcto, para eso es que sirven los metodos de CogSwap o una consola modificada -hackeada- mediante el CHIP.
Sony CD/DVD Generator no es su funcion de "juntar varios CDs" en un solo DVD, su funcion es crear Master -la muestra maestra que se usara para crear las demas copias- de discos CD o DVD con el formato de PS2. Este software solo sirve para grabar en aparatos de Sony que son costosos pues estan enfocados al mercadop empresarial y no al casero. Tu debes de exportar la compilacion como un archivo *.IML que es un vil archivo de texto, que al igual que los archivos CUe de CDRWin trae la ubicacion de cada archivo, el tipo de medio -CD o DVD- entre otras cosas. Con el programa IML2ISO o con Apache tomas ese archivo *.iml y crea una imagen ISO para grabar.
Lo mismo da si usas Nero Burning Rom o Roxio Easy CD/DVD Creator, creas una compilacion ISO/UDF y la grabas, claro esta que solo servira usando Chip o CogSwap.
Si funciona o no es facil de averiguar: Intentalo.
Nota: HDL_Dumx o LordBoGaMi acepta directamente archivos *.IML para instalar al disco duro y te ahorras crear la ISO, de igual forma tanto HDL_Dump o WinHiip aceptan archivos imagen de Nero *.NRG, ISO, CueSheet -CUE/DAT o CUE/Bin-, entre otros tantos formatos.