Puedes er problema del procesador que no sea muy potente y estes usando varios programas a la vez, o el antivirus esta haceindo un escaner del sistema, o puede ser que estes usando el render por hardware de video -usando el procesador grafico-. O bien, problema del encoder que usas.
¿Tienes suficiente memoria RAM?, ¿no esta muy fargmentado tu disco duro?, ¿tienes poco espacio en el disco duro?
Lo ideal es que des mas detalles de tu PC: Memoria RAM, procesador, version de windows.