@edu6968 en cuanto la pila se separe del circuito la partida se borrará, no se puede mantener la partida al cambiar la pila aunque la que reemplaces aún funcione.
Para conservar la partida habría que dumpear el save al PC con hardware específico para ello, y después de cambiar la pila volver a introducir el save dentro del cartucho.
O bien se le podría reemplazar el chip de memoria EEPROM por uno de tipo FRAM, de esa forma no necesitaría pila nunca más, sin embargo es una operación más delicada. Pero en el caso de Pokémon Cristal no sé si funcionaría, y además sigue necesitando la pila para el reloj interno.
Aunque Pokémon Cristal tenía un sistema para ahorrar batería que no tenían Oro y Plata, cuando el cartucho lleve una semana sin usarse el reloj se parará y sólo se usará la pila para mantener la partida en memoria. Cuando se vuelva a encender la consola con el cartucho te pedirá de nuevo que introduzcas la hora y el día de la semana. Así la vida de la batería es mayor.
Sobre los portapilas, buff, supongo que tendré que echar estaño en cantidades o quizá añadirle alguna patilla de metal para que no quede tan sucio, no sé. En el caso del EZ-Flash IV veo que la tapa tiene hasta una muesca para encajar la patilla de la pila que queda por encima, así que veremos si este puede cerrar y todo.