Hola rubin512, yo la tengo flasheada.
Yo de ti no me preocuparía por si en un futuro los juegos vienen... con protecciones y demás. A todo se le encontrará solución si esto pasara..
Aún así, si quieres estar más tranquilo, si escojes la opción de consola + chip nme al meter un juego original el chip es como si no estuviera, está "desactivado" y al poner un backup se activa.
Respecto al tema baneo, de momento como ya sabes Microsoft no banea (ni personalmente creo que lo hagan) aunque tengas la consola flasheada o con chip ni aunque juegues con backups. Si algun día banean, te enterarás rápido... pq muchísimas páginas se harán eco de ello, así que no tienes pq sufrir en este tema.
Lo de la garantía depende, seguramente tu tienda te dará una garantía aparte de la de Microsoft que es de 2 años. Y seguramente la tienda que te venda la xbox360 flasheada al desmontarla habrá mantenido intacta la etiqueta de garantía, así que no tienes pq preocuparte.
Por cierto, los backups para que funcionen con el chip NME hay que parchearlos con el NME Associator, pero es 1 segundín.
Bueno, espero haberte ayudado