Básicamente te puedes guiar por lo siguiente:
Si le pones algo fisico a la Wii pagando por ello (modchip o similares), suele funcionar todo sin problemas y no tienes que preocuparte.
Si modificas la Wii por software (normalmente free), suele funcionar todo sin problemas pero tienes que estar al loro de las actualizaciones y como ejecutar los backups.