Sólo se instala cuando haces make install, y se instala... donde esté defiinido
, por eso se recomienda usar los paquetes de la distro
Donde se instala y como, por supuesto se puede configurar, la documentación te dirá como.
Si sólo haces hasta el make, se compilará en el mismo directorio, y desde allí la mayoría de las cosas se pueden ejecutar sin problemas, no es necesario instalarlas (recuerda que normalmente no se pueden desinstalar si no es a pedal). Claro que lo más lógico es que tú mismo te prepares tus paquetes RPM o DEB, y entonces los instales.
Y por favor, eso de "carpetas" suena muy mal
, son directorios, y los "archivos" son ficheros de toda la vida, no se porque esa manía de MS de cambiarle el nombre a todo. Toda la vida llamandose al proceso de entrar a un sistema login, y ellos van y lo llaman logon (y luego logout/logoff) ¬¬