a ver... busquemos la razon por la que itachi se pulio todo su clan y protegio a su hermano... nos llevan dadas muchas pistas y aun asi no terminamos de hilvanar todo...
mi teoria:
estamos en mandato del cuarto hokage. Danzou, al mando de 'la raiz' quisiera hacerse con el poder, pero le resulta imposible, con lo cual empieza a montar una 'resistencia'. Siempre se ha dicho que los 'uchiha' eran los 'policia' de konoha (era el clan mas fuerte de konoha, por delante de los hyuga)
Danzou 'hace' que los uchiha suelten el kyubi, o bien, directamente, el antiguo contenedor del kyubi muere o queda fuera de control. Es el cuarto en persona, el que tiene que sellar al kyubi en su propio hijo (naruto)
ATENCION: aqui todavia existe el clan uchiha. si el clan uchiha siempre ha estado relacionado con el kyubi, y el mismo kyubi, en el interior de naruto cuando ve a sasuke dice algo como 'esos ojos, esos malditos ojos, tan maldito como todo tu linaje'. esto me da a entender que el kyubi, o el contenedor del kyubi, fue coaccionado a atacar konoha, muy probablemente por algun uchiha.
Habiendo tantos uchiha... ¿porque no pararon al kyubi ellos mismos, que se supone que tienen un doujutsu tan poderoso que el mismo kyubi teme?
de lo cual se deduce: el clan uchiha no es trigo limpio, y algo le hicieron al kyubi para que este resentido...
Una vez el cuarto muere, se produce una lucha por el poder. teoricamente, Danzou pelea con el tercero por el poder, pero mas bien fue una pelea 'politica'. Danzou tenia de su parte los Uchiha (que poblaban muchos puestos en ANBU), mientras que el tercero tenia los Hyuga, el comite de ancianos y yamato (yamato ya debia existir por esa epoca, al fin y al cabo, se supone que el tercero ya ha entrenado a los 3 sennin y que orochimaru ha huido de konoha). El tercero mantiene el poder.
Danzou planea un asalto al poder con ayuda de los uchiha. en este momento, el clan uchiha es practicamente una mafia, copando una gran cantidad de puestos ANBU (itachi es un ANBU) y en la policia de la ciudad. Ordenan al mejor amigo de Itachi que le cuente a este que pretenden hacerse con el control de la ciudad por la fuerza. Itachi se revela y mata a su amigo (consiguiendo de esta manera el Mangekyo Sharingan). cuando los ANBU vienen a pedirle explicaciones de porque su amigo esta muerto, Itachi lanza un kunai al simbolo Uchiha en la pared y dice "he perdido toda esperanza en este patetico clan" (frase importantisima a mi entender)
Despues viene lo que todos sabemos: Itachi se pule todo su clan (con ayuda de madara, o porque no, de algun Hyuga, o incluso de kakashi, que por aquella epoca era ANBU). por pena, y porque Sasuke no tenia ninguna culpa, deja a sasuke con vida, pero claro... ¿que es mas facil de creer por un niño? ¿que tus padres y toda tu familia eran unos asesinos traidores y tu hermano ha hecho justicia preventiva? ¿o que el unico asesino traidor es tu hermano?
asi pues, ese para mi, es el secreto de los uchiha... y la forma de que Itachi quedara absuelto de toda culpa...