Yo creo que las palabras del final se refieren a que el traje es Prophet, no que durante el juego controlemos a Prophet pero te hacen creer que controlas a Alcatraz, porque de ser así hay cosas que no cuadran, por ejemplo que Goul cuando está revisando el traje se alarme al ver que no eres Prophet o que el propio personaje no se digne a hablar para mantener el secreto, de ser así sería muy cutre, sin mencionar que se ve como se pega un tiro y el cadaver está a tu lado al principio... En mi opinión el nanotraje cobra conciencia (cerca del final te habla) y es la de Prophet. Pero quizá me equivoque, tampoco es que la historia llegue de forma clara a quien juega.
Saludos!
EDITO: Coincido plenamente con Yann Design.