A mi tampoco me vuelve a indexar nada al reiniciar.
Mirad a ver si tenéis algún disco duro externo agregado a Spotlight, y si es así debéis desestimarlo.
Respecto al primer mensaje del hilo, el problema viene de que se te ha jodido la base de datos de spotlight y deberás mirar alguna forma de borrarla y que vuelva a reescribir las búsquedas.
Ya me pasó a mi en Snow Leopard hace un año o así, y al final pude solucionarlo sin muchos problemas.
Eso si, yo te recomiendo que mientras tenga el proceso de reindexar todo el contenido, no uses el Mac, por que sino tarda el doble.