Claro que puede haber spyware en linux, no hay nada invulnerable. Imagina que alguien encuentra una vulnerabilidad en firefox que le permite instalar una extension en la sombra, visitando una web infectada y que por ejemplo logea todo lo que tecleas. Te podria robar las contraseñas o yo que se. Aunque claro, la posibilidad de que se dieran todas las circunstancias para que ocurriera, es bastante remota.