De todas formas, si para bajar software usas un gestor automatico de instalaciones (urpmi, emerge, apt-get, etc...), y un repositorio oficial, es practicamente imposible que te cuelen algo de eso. Y en esos repositorios hay software de sobra para todo lo que se quiera.
Además, la seguridad de los repositorios es casi inviolable, porque los paquetes (según creo, o por lo menos en Mandrake), van firmados con una clave, y aunque sustituyeran el paquete original por otro falso, te darías cuenta.
Lo unico necesario hoy en dia para linux para estar seguro es bajarte los programas de sitios confiables.