Hola,
Si ya tienes sistema operativo en tu SSD, esto es un SO para tu equipo. Si quieres instalar un juego en tu disco duro, no debería tener ningún problema, se copian las carpetas y eso es. Es posible que el juego pone algunas carpetas en tu SSD, pero en muchas ocasiones su tamaño no es problema.
Los dlls. y controladores ya instalados en el SSD se usarían por tu SO, utilidades y juegos, no importa si instalados en el SSD, en un disco duro o en un pen drive.
Saludos