Lo pones un poco complicado, eh
porque son juegos no del todo homologables (son SF de distintas subsagas).
En el aspecto gráfico, creo que está fuera de toda duda que el SFA2 es rotundamente mejor, pero también el SFA2 arcade es mejor que el SF2CE arcade al haber sido lanzado cuatro años después, por lo que hasta cierto punto es lógico que suceda lo mismo en versiones domésticas.
No recuerdo muy bien la música y el FX de SFA2 de SN, por lo que no puedo comparar.
En la jugabilidad, la de la serie Alpha es teóricamente una actualización de la original (a la que pertenece SF2SCE)por lo que nos encontramos con más combos y posibilidades de ataque en la primera. Yo pienso así también y por eso prefiero los Alpha en cualquier sistema. Pero también hay muchos "esencialistas" de SF que siguen prefiriendo el gameplay original. Con lo cual en este apartado habrá discrepancias muy subjetivas.
Una posible ventaja del SF2SCE es su modo Turbo con tantos niveles de velocidad (hasta 11), pero esto depende si eres fan de los combates ultrarrápidos o si lo consideras irrelevante.
En conclusión, mi voto va a SFA2 por ser para mí un juego globalmente más avanzado.