Ese es un problema comun cuando no se bajam las mismas versiones del video y de los srt, no cuadran en la vida.
Lo suyo es intentar buscar los subs sincronizados con esos videos, si no, no hay tu tia, date cuenta de que cada uno lo hace con el video que tiene, contando desde el inicio del video, los cortes por publicidad, etc....
Mal asunto para hacerlo a traves del XBMC y ralentizando o acelerando los subs.