Hombre, lo de poner cosas encima mal. Pasar creo que no pasaría nada, pero cd's y cosas así vibrarían y lo oírias, es ese tipo de tintineo cascao que pone nervioso a cualquiera. Lo mejor que puedes hacer es ponerlo en el suelo. Los vecinos no lo deberían de notar a menos que tu suelo sea de papel o que lo pongas brutalmente alto.
Las ondas de los sonidos graves se comportan de forma curiosa, desplázate por el cuarto mientras escuchas una canción con graves profundos y ya verás como en algunos sitios se escucha mucho mejor que en otros. Por ahí se dice que un truco para colocar el subwoofer es ponerlo justo en el lugar donde de normal fueras a escucharlo (pero en el suelo, se entiende, no en la silla o el sofá xD) y moverte por la habitación mientras lo escuchas. El punto donde mejor se oiga, es donde debes colocarlo para la mejor acústica.
Por lo de los vecinos yo no me preocuparía, tendría que estar bastante bastante alto para que a ellos les transmitiera vibración. Vamos, creo yo, que tampoco soy un entendido en sonido, pero a mí nunca se me han venido a quejar, y he hecho pruebas cambiándome de habitación con graves altos y todo eso y, aunque obviamente se nota, es mucho menos de lo que parece al estar dentro de la habitación donde está el subwoofer. Así que imagínate a través de un suelo, con toda la separación.
Por alargar los cables no te preocupes mucho. No creo que notes pérdida ninguna.