Si, como dice Ruboteca (al que le respondí hace unos días ^^), es por problemas de RAM. Es de menor calidad que en otros flash, por lo que no tira muy bien con todos los juegos.
Yo he jugado al Mario Tennis y al Pokémon Esmeralda en SuperCard miniSD y tenían una velocidad perfecta, pero otros, como el Gunstar Heroes, Yoshi's Island o Super Mario Advance 3, iban lentísimos, más cuando hay muchos sprites en pantalla.
Tiene varios métodos para "evitar" de algún modo estas bajadas de velocidad, pero todos tienen algún "pero" que no termina de convencer (o gastas más batería, o te quita la posibilidad de salvar sin QPC, etc.) y no hacen que los juegos funcionen al %100. Por ejemplo, en las cuevas del Final Fantasy V la velocidad baja muchísimo, como a un %50 del original. Si aplicas alguno de los parches que hay, además de lo que ya mencioné como efectos negativos, la velocidad aumenta hasta un %80, que sigue siendo lento, pero peor es nada...