Si quieres descartar para siempre cualquire problema con el transformador compra un transformador electrónico multiple. Es como el tipico con muchas cabezas, pero los hay modernos electronicos que no se calientan y son completamente estables. De esta forma no puede haber ningun tipo de fallo ni de interferencias ni nada de nada. Buscalo en ferreterias o tiendas de electricidad. Si quieres estar seguro de que es electronico y no electrico (de bobina) la gran diferencia apreciable es que el electronico pesa muy poco comparado con el otro.
Para mi famicom, la MD1 y varias clonicas uso el mismo cambiando los valores de voltaje y polaridad.
Te aconsejo que compres uno, no es barato pero tampoco caro, unos 10€ supongo, y nunca volveras a tener dudas al respecto de un transformador.
En principio el trafo de la MD no debería ser el problema, a no ser que este fallando el mismo por lo que las consecuencias se antojan imprevisibles a cierta escala.
Salu2