En el programa existe una opcion que se llama "SaveFix" (Arreglar save) aplicalo y veras que donde estaba la rom hay una que dice ouput-"XXX" esta rom estara lista para usarse (Con esto se arreglo el problema de los saves..Si te gusto como queda deshaste de la vieja rom y usa esta ya "arreglada"...
No te preocupes todos en algun momento fuimos novatos.