Todas esas preguntas tienen respuesta según avanzas en el juego. Por ejemplo, creo que para abrir la puerta que dices, se necesita el turbo-reactor ese que te impulsa hacia adelante con el agua. Creo que era el de la caja gris.
Lo demás, lo mismo, el Yoshi aparece por primera vez cuando hayas cogido X shines creo...Y aparece precisamente encima del edificio que señalas. Y lo otro es más avanzado el juego.
Tú ve avanzando por donde vayas pudiendo en las fases y se te irán abriendo caminos. No puedes acceder a todo a la vez.