Igual me estoy coland aquí, pero tengo entendido que el ZSNES está a estas alturas bastante desfasado. El Snes9x está más al día, aunque es el BSNES el más avanzado (si bien sus requisitos son muy elevados). Adaptadores de mandos de SNES existen, aunque son poco habituales. El año pasado, de hecho, salió una combinación de copiador de cartuchos + adaptador de 2 mandos por USB.
Respecto al asunto de las partidas que no se guardan, es dificil de decir. Posiblemente tengas un problema de configuración del directorio donde deben ir las partidas guardadas, que seguramente apunta a algún sitio donde no tienes permisos de escritura o incluo a una unidad de sólo lectura (como un DVD, por ejemplo).