No necesitas formatear el hd, puesto que dices que lo vas a cambiar por uno nuevo de más capacidad. Si usas el hd que quites para cualquier otra cosa, tendrás que formatearlo igualmente en el aparato en el que lo montes, haciéndolo desde la consola solo conseguirás perder tu valioso tiempo.
Lo más rápido y simple es:
Pinchas el nuevo HD en el lugar del viejo y pueden suceder dos cosas:
A: Te pide formatear e instalar el firmware de nuevo. Instalas el 4.46 que hayas elegido.
B: Te pide solo formatear. Entras a recovery e instalas el nuevo firmware 4.46 que hayas elegido.
En ambos casos, tu consola quedará limpia sin restos anteriores de nada y tan solo habrás tenido que instalar el nuevo cfw una única vez. Cualquier otra alternativa que pruebes te puede llevar a instalar el firmware más de una vez, dependiendo de si es nand o nor, tal como te han comentado antes, con la consecuente perdida de tu tiempo.
Saludos.