Hay un programa que te hace estas cosas (división del archivo en el formato adecuado para que lo reconozca la unidad) que sirve para todas éstas unidades, he cambiado de ordenador hace poco (un día), lo tengo en el antiguo, creo recordar que se llama Ucon, sino prueba con Ucon64, ya te comentaré cuando tenga tiempo, saludos!
El SnesTools yo solo lo usaba para quitar la protección de región NTSC.