M3 y SC DS (one) usan el mismo tipo de targeta (microSD).
El menú de carga, a mi parecer es más sencillo el de M3 simply, pero tan solo es mi opinión. Aunque también puedes crearle tus propias skin's, al SC creo recordar que no.
El reproductor multimedia es el mismo sistema en ambos, el Moonshell, aunque M3 lo tienes que cargar y SC lo carga al encender la consola. Un detalle sin demasiada importancia pues carga muy rápido.
En ambas targetas has de actualizar el firmware de vez en cuando (cada vez que salga en la web oficial xD) para backups nuevos o homebrew, etc.
Te diría que la diferencia más grande es que SC guarda las partidas en una memoria interna y que M3 las guarda en la microSD, pero con el SO 5 de SC ya se pueden guardar en la misma microSD. Por lo tanto la diferencia es... alguna habrá que desconozco xD
Aun así, yo uso una R4 (es lo mismo que una M3 pero de otro team) y funciona a las mil maravillas.
Elije el que más te guste o el más barato, según tu propio criterio.