Asi a lo bruto hay dos partes que actualizar, digamos que una es el firmaware interno de la tarjeta y otro un poco más externo.
Tienes que actualizar la parte interna a la última versión, para esto hay dos formas. Tienes que descargarte los ficheros que te digan de la pagina oficial, meterlos en la microSD y actualizar la flash o bien desde una ds/dsi o desde la 3DS sin actualizar al ultimo firmware. Teniendo todo metido en la flash solo es meter el cartucho en la consola y ejecutar el cartucho, se actualiza y listo. Ojo, la 3ds no puede estar actualizada, si no necesitaras ds/dsi. Son 2 minutos.
Luego ya está el firmaware "externo" que se copia a la SD sin mayor problema con la estructura que te viene en el manual de la flash.
La pagina es:
http://eng.supercard.sc/manual/dstwo/download.htmDe ahi lee un poco y descarga las cosas que te dice.
Está escrito un poco a lo burro pero busca que es fácil. Lo peor que te puede pasar es que si actualizaste la 3DS necesitarás a algun amigo/alma caritativa que te deje la DS un rato.
Edit: Las dos partes que te digo en su web lo llaman "firmware" que es el que hay que actualizar desde ds/dsi o 3ds virgen y EOS, que es la parte donde hacen fix para que funcionen más juegos cada vez.