Hola, me temo que es un problema común en supercard. Las ralentizaciones se producen debido a que la memoria del cartucho es más lenta que la de la propia consola, y al parchear los juegos para permitir el salvado este proceso se agrava (al requerir un hilo de procesamiento para comprobar si se pulsan los botones para arrancar el menú de salvado).
Puedes mirar la compatibilidad con GBA en este
enlace, donde te aparecen todas las roms probadas y te comentan sus características de funcionamiento.
Para arreglar esto (en la medida de lo posible) hay varios parches, utiliza la búsqueda con "pfpatch", en concreto la versión 0.9, que parchea las roms habilitando únicamente el QPC, pero no se si te habrás enterado de que esta versión se deshabilitó a partir del firmware 1.63, así que...
Yo me he pasado el Golden Sun sin ningún problema, y he echado buenos vicios a otros como el V-rally 3 o algún Street Fighter. El final fantasy IV no funciona mal, pero definitivamente este flashcart no está pensado demasiado bien para GBA. Un saludo