A mi me ha dado ese error o parecido en mi versión para Lite, cuando he querido parchear un programita casero o alguna demo o similares.
Ahora ya lo he aprendido y cuando es ese el caso ni pruebo a parchear siquiera, directamente los copio en formato nds o sc.nds a mi microsd. Nunca se me ha dado el caso con una rom comercial.