Pues se puede usar el adobe premiere para exportar un clip a .mov, por ejemplo, pero nose, es como matar moscas a canyonazos. Seguro que hay algun programilla por internet para convertir formatos...
De todas formas, si utilizas el premiere, es bastante facil e intuitivo... el mpeg lo abre sin problemas como un clip... lo insertas en el canal 1 de video/audio p.e. y renderizas con salida a formato .mov (prueba distintos ratios y codecs a ver cual es el que va mejor...)
Es un metodo de conversion un pelin bestia, pero eficaz