Eso de que están grabados a trozos te refieres a unos surcos, unos anillos, ¿verdad? Esos anillos no son nada extraño, es más, son necesarios para que el disco se pare y puedas sacarlo y poner el backup, son la clave de esos discos, por eso no vale una copia, los discos de arranque tienen que ser originales, porque en una copia no aparecen esos surcos. Lógico, ¿verdad?
En cuanto a que no te sale lo de cargar programa y el modo de vídeo, ahí ya no te puedo decir nada, porque yo tengo el Swap Magic 3.3 y una PSTwo (v12).
Espero haberte ayudado. Un saludo.