Hola.
Intentaré responder, ya que hace poco compré la versión 3.8
Si, te permite ejecutar programas desde el disco duro usb, es decir, los .elf. Puedes almacenar hasta 4.
De manera que puedes ejecutar el USBAdvance o el HDLoader o el que te de la gana, siempre que sea .elf y sigas las instrucciones para ejecutarlo.
Yo tengo un disco duro usb, de manera que ejecuto el USBAdvance.elf, y ya puedo cargar los backups desde el propio disco duro.
Espero haber resuelto las dudas.