Si se puede, tanto en la memory card (mira en foro cogswap) como en el disco duro (estoy hablando del archivo ejecutable).
Lo que no se puede es cargar el swap magic en el disco duro (intentar instalarlo mediante el hdloader el disco original no funciona, ya que este disco tiene muchisimos sectores defectuosos, y al final te cargaras la lente de la ps2)y aunque lo instalaramos o consiguieramos intalar (hay formas para ello), no funionaria la imagen al intentar arrancarla desde el hdloader (arrancaria el swap magic pero no nos dejaria cargar backups, ya que el hdloader hace creer a la ps2 que el disco duro es una unidad virtual cd/dvd y inutiliza la adquisicion de datos desde el laser (hay modulos para volver a activar el lector y que este funcione incluso desde el hdloader, solo hay que saber programarlos en el juego o en la aplicacion ejemplo gt4, ps2reality, etc..)).
Con esto espero haber contestado a tus preguntas.