Pues si, aunque la tapa este abierta el disco gira, lo que hacen las swap tool, magic keys, etc es tapar los sensores para que la consola no detecte que se ha abierto la tapa.
Prueba que la pieza que se coloca al lado de la bisagra de la tapa este bien puesta, yo ayer estuve poniendo las magic keys a mi ps2 y esta pieza era un coñazo porque es la que hace que el disco gire. Para colocarla bien no es solo meterla por el huequecillo, hay que poner un disco y empezar a girar la pieza poco a poco hasta que el disco empiece a girar.
La verdad es que hay que tener un poco de paciencia, se lleva un rato.
Saludos.