Seamos lógicos...:
- El Swap Magic es un disco como otro cualquiera. La PS2 lo lee, y ejecuta el programa.
- Un modchip ha de estar soldado en el interior, y envía tensiones y corrientes a componentes electrónicos de la consola, de manera en la cual no ha sido diseñada para ello. Por tanto se altera su funcionamiento, y se pueden dañar.
Creo que la respuesta es trivial ^^
Ahora bien, si a lo que te refieres es a que la lente se "estropea" por leer discos difíciles de leer (mal grabados, de mala calidad, etc...), es evidente que ocurre con ambos métodos.