Amigo mmiiqquueell, pasar de SWF a PBP es imposible por varias razones:
-Flash es un lenguaje interpretado, es decir, cada maquina lo entiende como le sale del pijo, mientras que C se compila y se convierte en binario, que es entendido por la PSP.
-No se puede pasar de flash a java, ya que hay mucha diferencia entremedias, y lo que tu has dicho que usas JavaScript 2.0 para los botones, debo entender que hablas de ActionScript, el lenguaje de programación usado en flash(véase Lingo de Director).
-Java C no existe, solo se parecen, es decir, tienen una sintaxis parecida, es como decir que java y php es lo mismo
-Java incluye librerias graficas por defecto, C no.
Salu2!