Pues esperamos a que vuelvan a aparecer. Es complicado diagnosticar esto sin tener los datos.
Yo he visto programas que crean alguna carpeta temporal durante el proceso de instalación, system y system64 es más extraño porque parecen carpetas del sistema, pero podrían ser perfectamente del mismo proceso. Fíjate que en esa captura de pantalla tienes una aplicación (o instalable) "mono" del que no se aprecia la extensión, pero el icono es típico de instalables, cuyo nombre coincide con una de las carpetas creadas.
Saludos.